A Reitoria é a Unidade Orgânica de gestão e o órgão central de administração da Universidade José Eduardo dos Santos; ela detém os seguintes órgãos e serviços de gestão da Universidade:

1. Órgão Singular de Gestão: Reitor;
2. Órgãos Auxiliares do Órgão Singular de Gestão: i) Vice-Reitor para os Assuntos Académicos; ii) Vice-Reitor para os Assuntos Científicos e pós-Graduação; iii) Pro-Reitor;
3. Órgãos Colegiais da Universidade: i) Conselho Geral; ii) Senado; iii) Conselho de Direcção;
4. Serviços Executivos: i) Direcção de Investigação Científica, Inovação, Empreendedorismo e Pós-Graduação; ii) Direcção dos Assuntos Académicos.
5. Serviços de Apoio: i) Gabinete de Apoio a Reitoria; ii) Secretaria Geral; iii) Direcção de Recursos Humanos e Acção Social; iv) Gabinete Jurídico e de Intercâmbio; v) Gabinete de Tecnologias de Informação e Comunicação; vi) Gabinete de Gestão da Qualidade; vii) Biblioteca Central.

Estes órgãos e serviços de gestão da Universidade, unânime e conjuntamente, têm a competência de coadjuvar o órgão singular de gestão na planificação, organização, direcção, coordenação e monitorização das actividades (académicas, científicas, de pós-graduação, de extensão e administrativas) desta Instituição de Ensino Superior Angolana.